La FMCH intègre les membres dans différents comités qui mettent l'accent sur les points de vue, les besoins et les défis. La FMCH fait la distinction entre les comités exécutifs et les comités consultatifs.
Le site Assemblée plénière est l'organe suprême de l'association.
Le site Comité directeur se compose du président, de deux vice-présidents et d'un minimum de quatre et d'un maximum de six membres du comité. Il est compétent pour toutes les questions relatives à la FMCH qui ne sont pas réservées à un autre organe.
Les organisations membres de la FMCH délèguent une représentante ou un représentant au sein du Conseil des délégués pour un mandat de quatre ans. La représentation doit être assurée par un membre en exercice du comité directeur de l'organisation qui a procédé à la nomination.